پیش بینی اهداف micrornaهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی

Authors

بلال صادقی

balal sadeghi phd in animal genetics (molecular genetics and bioinformatics), assistant professor, food hygiene and public health dept., faculty of veterinary medicine, shahid bahonar university of kerman, kerman, iranدکتری تخصصی ژنتیک حیوانی (ژنتیک مولکولی و بیوانفورماتیک)، استادیار گروه بهداشت و مواد غذایی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنرکرمان، کرمان، ایران

abstract

مقدمه: پیش بینی اهداف mirna ها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. توسعه روش های محاسباتی و متعاقباً صرفه جویی در هزینه و زمان پژوهش های آزمایشگاهی، تأثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت mirna ها می گذرد، روند پژوهش ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل گیری دیتابیس های بیولوژیکی و درک اهمیت آن ها، دانشمندان بر روی این زمینه سرعت مطالعات و توجه خود را افزایش داده اند. تاکنون چندین روش کامپیوتری برای پیش بینی اهداف mirnaها ساخته شده است ولی اکثر این روش‏ها دارای نرخ بالایی از مثبت‏های اشتباه هستند و هنوز جا برای بهبود این روش ها وجود دارد. از آنجا که مطالعات جدید نشان می‏دهد که mirnaها در بافت‏های مختلف دارای اهداف متفاوتی هستند، هدف از این مقاله ارائه‏ یک روش کامپیوتری برای پیش بینی اهداف، در سرطان سینه می‏باشد، تا به این طریق با اطمینان بیشتری بتوان به پیش بینی اهداف در این سرطان پرداخت. روش: در این پژوهش، ابتدا انواع ویژگی ها استخراج شده، سپس ویژگی های برتر توسط دو روش cfs و relieff انتخاب گردیدند. انواع مدل های هوشمند از جمله شبکه عصبی، ماشین بردار پشتیبان با سه هسته متفاوت، الگوریتم نائیوبیز و درخت تصمیم گیری random forest بر روی داده ها با روش اعتبارسنجی ضربدری 10تایی تست و نتایج آن ها با یکدیگر مقایسه و تحلیل شد. سپس برای تأیید نتایج حاصل از داده های بیان ژن بهره گرفته شد. نتایج: با استفاده از این روش 124 اثر متقابل عملگر، شامل 21 mirna و 38 mrna، در سرطان مورد نظر پیش بینی گردید. نتیجه گیری: این رویکرد از لحاظ بیوانفورماتیکی برای سرطان سینه مورد تأیید قرار گرفت اما برای تأیید بیشتر این پیش بینی ها، نیاز به استفاده از روش های آزمایشگاهی می باشد.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

پیش‌بینی اهداف MicroRNAهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی

مقدمه: پیش‌بینی اهداف miRNA‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. توسعه روش‌های محاسباتی و متعاقباً صرفه‌جویی در هزینه و زمان پژوهش‌های آزمایشگاهی، تأثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت miRNA‌ها می‌گذرد، روند پژوهش‌ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل‌گیری دیتابیس‌های بیولوژیکی و درک اهمیت آن‌ها، دانشمندان بر روی این ...

full text

پیش‌بینی اهداف MicroRNAهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی

مقدمه: پیش‌بینی اهداف miRNA‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. توسعه روش‌های محاسباتی و متعاقباً صرفه‌جویی در هزینه و زمان پژوهش‌های آزمایشگاهی، تأثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت miRNA‌ها می‌گذرد، روند پژوهش‌ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل‌گیری دیتابیس‌های بیولوژیکی و درک اهمیت آن‌ها، دانشمندان بر روی این ...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

پیش بینی قیمت نفت با استفاده از روش متا آنالیز

نفت یک کالای مهم اقتصادی و قیمت آن در بازارهای بین‌المللی بسیار اثرگذار و توانایی ارائه پیش‌بینی صحیح از وضعیت قیمت آن یکی از چالش‌های مهم علمی در سراسر جهان است. این مقاله به پیش‌بینی قیمت نفت با استفاده از روش متا آنالیز و مقایسه آن با سایر روش‌ها می‌پردازد. در این تحقیق از نتایج روش‌های ARMA،AR فازی، تاناکا فازی، حداقل مربعات فازی، شبکه عصبی، داده‌های شبیه‌سازی شده و داده‌کاوی مربوط به قیمت‌...

full text

پیش بینی بازده سهام با استفاده از روش انقباضی LASSO

انتخاب متغیر، یکی از مراحل مهم در مدل­سازی آماری است. برای این منظور، معمولاً از روش­هایی نظیر حذف پسرو استفاده می­شود. از آنجایی که در این روش­ها دو مرحله ی برآورد مدل و انتخاب متغیر به طور جداگانه صورت می­گیرد، نتیجه­ی حاصل بی­ثبات خواهد بود. به همین دلیل اخیراً گروه دیگری از روش­های انتخاب متغیر به نام روش­های انقباضی مطرح شده­اند که در این بین، LASSO از محبوبیت ویژه­ای برخوردار است. در این تح...

full text

My Resources

Save resource for easier access later


Journal title:
مجله انفورماتیک سلامت و زیست پزشکی

جلد ۳، شماره ۱، صفحات ۱۸-۲۸

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023